バイオインフォマティクス

ENAでRNA seq fastqファイルへのFTPリンクをプログラムで取得するにはどうすればよいですか？取得したいリンクの例を以下に示します。 ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR824/000/SRR8240860/SRR8240860_1.fastq.gz 特に、BioProject ID（ここでは、P...

rna-seq public-databases data-retrieval 

Rで2つのネストされたnegbin glmsを構築すると、1つは因子が低下します。anovaをtest = "Chisq"で実行して、モデル間に有意差があるかどうかを確認できます。しかし、これの結果としてのPvalueは実際に私に何を伝えますか...

statistics logistic-regression 

アミノ酸アラインメントデータから、各残基の保存の程度を視覚化するためにスコアまたはグラフを表示したいと思います。可能であれば、一定のレベル以上のスコアを獲得したゲームの部分を抽出します。それを行うため...

alignment sequence-alignment 

NCBI SRAデータベースにクエリを実行すると、1秒あたりのリクエスト数が10未満であり、APIキーを持っているにもかかわらず、1秒あたり10回実行できるはずのAPIキーがあるにもかかわらず、「リクエストが多すぎます」という...

python ncbi 

次のコマンドを使用して、daf-2 cのGEOデータセットエントリを取得しています。実験タイプがハイスループットのシーケンスであるエレガンス：esearch -db gds -query "daf-2" | efilter -query "expression profiling by high throughput seq...

geoquery 

Salmonで次のfastqファイルを同時にダウンロードしたい： - SRR10611214 - SRR10611215 - SRR10611215 - SRR10611216 - SRR10611217 bash forループまたはfastq-dumpを使用してこれを行う方法はありますか？またはプリフェッチ...

rna-seq fastq data-download salmon 

コンダ環境にgzipパッケージをインストールしてから、ソフトウェアがそこにあることを確認するために、「ls」コマンドを使用しましたが、リストにありませんでした。もう一度インストールしようとしましたが、システム...

conda 

私は、1 kbから15 kbの重複しない断片に断片化したいマルチファスタで、refseqからダウンロードした細菌の染色体/プラスミドを持っています。関連ツールをグーグルで試しましたが、役に立ちませんでした。誰が私がこれを...

assembly bacteria 

multifastaファイルから等電点を計算する必要があります。それを可能にするPythonコードまたはWebツールはありますか？...

fasta proteins 

Pythonでマルチスレッドを使用してSRAからデータをダウンロードするための次のコードがあります。これを数回（テスト目的で）実行した後、データへのアクセスが拒否され続けます。これを修正する方法がわかりません。...

python 

NCBI pageからプログラムで「Accession List」ファイルを取得したいのですが。 Firefoxを実行しているので、ファイルをクリックし、Ctrl + Shift + Eをクリックして、ファイルのエンドポイントを確認します。しかし、私はそれを理解...

ncbi 

to ncbi siteに行った場合、customize view -> Customize -> All features -> Update viewを適用してからctrl + f : Aluを適用すると、この染色体からすべてのalu反復領域座標を取得できます。次のようになります： repeat_region complement(37490..3...

fasta 

今までの私のワークフロー：組み立てられていないメタゲノムでマーカー遺伝子の断片を見つける>メタゲノムをダウンロードして組み立てる>近傍遺伝子/目的の遺伝子セットを回復する現在、アセンブルされたコンティグに...

gene assembly metagenome 

私は、edgeRを使用して、RNA-seqデータサンプルのセット（2つのコントロール、8つの処理）の差次的発現（DE）分析を実行しています。バッチ効果を修正するために、RUVSeqを使用しています。正規化せずにDE遺伝子のリストを取...

r rna-seq differential-expression normalization edger 

私はアラインした4アミノ酸のセットを持っていますが、コドンレベルの変化に関してそれぞれのヌクレオチド配列と比較したいと思います。 C末端ドメイン領域の領域のみを取得したいアラインメントファイルがあります。...

r sequence-alignment 

Rのglmモデルでaov()を使用するとどうなりますか？通常のglmモデルsumamry(m1)：Call: glm(formula = value ~ origin + variable, family = poisson(), data = comb_data) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -0.8227 -0.5547 -0.4385 -0.3038 2.5258 Coefficients:...

r statistics 

マイクロサテライトの繰り返し数（つまり、「AA」、「GTC」などのコピー数）が参照ゲノムと場所が異なる、短い読み取りシーケンス内のすべての遺伝子座を特定する必要があります。参照ゲノムとショートリード配列の両...

genome ncbi variation bwa reference-genome 

各.pdbqtファイルの測定距離を印刷し、.pdbqtファイルの元の名前を新しい.txtファイル名として使用して、各.pdbqtの新しい出力ファイルを書き込もうとしています。以下はスクリプトです。私はpython3を使用しており、Linux CLIを...

python pymol 

私は、健康学生の研究についてしなければならないプロジェクトについて質問があります。すべてのファイルをcsvに変換し、正しいフォルダーにあるにもかかわらず、read.csvまたはread.csv2を介してcsvファイルをインポートで...

r 

私は最近、2つの実験条件での複製間の異なる遺伝子発現結果を視覚化するために複数のヒートマップを作成していることに気づきました。色を使用するプロットソフトウェアのデフォルト設定：上方制御された遺伝子->赤ダ...

differential-expression visualization heatmap