バイオインフォマティクス

バイオインフォマティクスに関心のある研究者、開発者、学生、教師、エンドユーザー向けのQ&A




1
NCBIのクエリ時に多すぎる要求エラー
NCBI SRAデータベースにクエリを実行すると、1秒あたりのリクエスト数が10未満であり、APIキーを持っているにもかかわらず、1秒あたり10回実行できるはずのAPIキーがあるにもかかわらず、「リクエストが多すぎます」という...
  


1
fastq-dumpを使用して複数のfastqファイルをダウンロードする
Salmonで次のfastqファイルを同時にダウンロードしたい: - SRR10611214 - SRR10611215 - SRR10611215 - SRR10611216 - SRR10611217 bash forループまたはfastq-dumpを使用してこれを行う方法はありますか?またはプリフェッチ...
    





0
プログラムでNCBIからアクセッションリストを取得する
NCBI pageからプログラムで「Accession List」ファイルを取得したいのですが。 Firefoxを実行しているので、ファイルをクリックし、Ctrl + Shift + Eをクリックして、ファイルのエンドポイントを確認します。しかし、私はそれを理解...
 


1
メタゲノム間の遺伝子量の比較
今までの私のワークフロー:組み立てられていないメタゲノムでマーカー遺伝子の断片を見つける>メタゲノムをダウンロードして組み立てる>近傍遺伝子/目的の遺伝子セットを回復する現在、アセンブルされたコンティグに...
   


1
整列したアミノ酸とコドンの比較
私はアラインした4アミノ酸のセットを持っていますが、コドンレベルの変化に関してそれぞれのヌクレオチド配列と比較したいと思います。 C末端ドメイン領域の領域のみを取得したいアラインメントファイルがあります。...
  

0
aov(glmモデル)は実際にRで何をしますか?
Rのglmモデルでaov()を使用するとどうなりますか?通常のglmモデルsumamry(m1):Call: glm(formula = value ~ origin + variable, family = poisson(), data = comb_data) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -0.8227 -0.5547 -0.4385 -0.3038 2.5258 Coefficients:...
  

1
BWA:参照ゲノムとShort-Readシーケンス間の差異の検出
マイクロサテライトの繰り返し数(つまり、「AA」、「GTC」などのコピー数)が参照ゲノムと場所が異なる、短い読み取りシーケンス内のすべての遺伝子座を特定する必要があります。参照ゲノムとショートリード配列の両...
     

1
複数の入出力ファイル?
各.pdbqtファイルの測定距離を印刷し、.pdbqtファイルの元の名前を新しい.txtファイル名として使用して、各.pdbqtの新しい出力ファイルを書き込もうとしています。以下はスクリプトです。私はpython3を使用しており、Linux CLIを...
  



Next page