物質モデリング

材料モデラーとデータサイエンティスト向けのQ＆A

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固体の励起状態計算にはどのような方法がありますか？
有用なリソースを作成するための簡潔な回答（最大3段落）の精神に基づいて、固体に利用できる励起状態計算のタイプは何ですか？リストに追加してください： 準粒子励起 DFT：密度汎関数理論 $ \ Delta $ SCF [link to answer] 制...
density-functional-theory one-topic-per-answer td-dft gw-bse excited-states 
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分子の立体配座エントロピーを計算する方法は？
はじめに システムのエントロピーは式（1）を使用して計算できることがわかっています： \ begin {equation}\ label {eq：entropy_Boltz}S = {k_B} \ ln \ Omega \ tag1\ end {equation} $ k_B $ はボルツマン定数、 $ \ Omega $ はマイクロステートの数...
entropy 
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DFTの新規ユーザーの落とし穴は何ですか？
この質問は、別のSEのpostから発想を得ています。最近の多くのユーザーは密度汎関数理論コードを「ブラックボックス」として使用しているため、最初に学習したときに多くの間違いを犯したと予想するのは当然です。 密...
density-functional-theory one-topic-per-answer 
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完全な機能を備えたフルCIおよびDFTの軌道
完全な構成相互作用（CI）を使用して取得された占有軌道がDFTを使用して取得された軌道と同じであることを証明/反証する論文はありますか？>...
density-functional-theory full-configuration-interaction 
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料金分析の種類は何ですか？
私は、原子間ポテンシャルを使用してシステムの原子電荷を評価し、DFTを使用した場合と比較しています。次の種類の部分請求について知っています：Mulliken、Bader、Qeq。長所と短所などの方法の違いは何でしょうか。おそ...
one-topic-per-answer conceptual-dft population-analysis atoms-in-molecules partial-charge 
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DFTシミュレーションに必要な速度/時間はどれくらいですか？
私は現在、原子間ポテンシャル（無限反復格子の場合）を計算するためにおもちゃモデルを設計しています。このおもちゃモデルは、DFTシミュレーションよりもスケーリングと実行が必要です。しかし残念なことに、私はDFT...
density-functional-theory software high-performance-computing algorithms 
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GAUSSIANからの静電ポテンシャルを溶剤でアクセス可能な表面にマッピングする方法は？
GaussviewのGaussian cubegenおよびサーフェスジェネレーターは、ESFをSCF密度にマップすることのみを許可しているようです。ESPの生成にはG16を使用しました。溶剤が付着しやすい表面にプロットしたい。それを可能にする（無料...
software gaussian visualization-software electrostatic implicit-solvent 
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異なる量子化学パッケージ間の速度比較のための更新された包括的なベンチマークのセットはありますか？
GitHub、qmspeedtestに、量子化学パッケージのベンチマーク専用のページを見つけました。しかし、ほとんどの結果は数年前のものであり、おそらく時代遅れです。このような比較を見つけることができる場所はありますが、頻...
software molecular-modeling high-performance-computing quantum-chemistry databases 
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タンパク質の表面の特徴をどのように特徴付けるのですか？
タンパク質ドメインの構造を見ると、それらの多くが同じ場所に（互いに整列している場合）クレフトのような構造を示していることに気づきました。 これらの裂け目を特徴付ける推奨される方法は何ですか？ 曲率の測定...
structure biomaterials proteins 
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3Dミセル構成を描画するソフトウェア
添付の図のような3Dミセル構成を描画できるフリーソフトウェアを探しています。何か提案はありますか？ ...
software from-chem-se visualization-software 
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六方格子体積EOSフィット
VASPを使用した六角形のボリュームフィッティングに関して少し問題があります。次の手順に従いました。 ISIF =4を使用して、指定されたボリュームから構造を解放します CONTCARをPOSCARにコピーし、再度緩和する ISMEAR = -5を...
density-functional-theory software vasp 
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Pythonで独自の密度汎関数理論（DFT）コードを記述する方法
私はDFTユーザーであり、将来のある時点で、DFTの理解を深めるために、Pythonで独自のDFTコードを記述したいと考えています。previous answerで述べたように、人々は独自のDFTコードを記述して、理論とアルゴリズムの仕組みをよ...
density-functional-theory software python 
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コーン・シャムDFTが厳密に基底状態の方法（0 Kで）であるとすると、実際のアプリケーションで材料を説明するにはどの程度十分ですか？
Kohn-Sham DFTは、厳密に基底状態の方法であるにもかかわらず、非常に人気があるようです。すべての計算は0 Kで行われます。実際のアプリケーション（おそらく室温、またははるかに高い温度）？または、TD-DFT、GW-BSEなどの...
density-functional-theory kohn-sham td-dft gw-bse greens-functions 

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